Prinz Tamino wird von einem wilden Drachen bedroht. In letzter Minute retten ihn drei geheimnisvolle Frauen, Abgesandte der Königin der Nacht. Als der Vogelfänger Papageno auftaucht und sich mit der Heldentat brüstet, bestrafen sie ihn. Dem Prinzen überreichen sie ein Bild von Pamina, der Tochter der Königin, die vom Herrscher des Sonnentempels, Sarastro, gefangen gehalten wird. Tamino verliebt sich in sie. Da erscheint die Königin selbst und befiehlt ihm, zusammen mit Papageno Pamina zu retten. Eine Zauberflöte soll ihn vor Gefahren schützen, der widerstrebende Papageno erhält ein magisches Glockenspiel. Von drei Knaben geführt, machen sich die beiden auf den Weg zu Sarastros Burg. Während Tamino von den Burgwächtern zweimal zurückgewiesen und beim dritten Mal darüber belehrt wird, dass Sarastro nicht der grausame Despot sei, als den ihn die Königin hingestellt hat, findet Papageno Pamina und versucht mit ihr zu fliehen. Ihren Bewacher Monostatos kann er zwar mit Hilfe des Glockenspiels in Schach halten, aber das Erscheinen Sarastros macht alle Anstrengung zunichte. Papageno, Pamina und Tamino müssen in Sarastros Tempel bleiben. Sie werden aufgefordert, sich lebensgefährlichen Prüfungen zu unterziehen. Als erstes müssen sie schweigen lernen, ein vor allem für Papageno schwieriges Unterfangen. Als ein altes Weiblein daherkommt, hält er es nicht mehr aus und fragt sie nach ihrem Namen. Mit einem Donnerschlag verschwindet sie wieder. Papageno tröstet sich mit Speis und Trank, die den beiden auf wundersame Weise serviert werden, nur Tamino schweigt und spielt auf seiner Flöte. Pamina kommt und ist verzweifelt, weil Tamino nicht mehr mit ihr spricht. Ihre Mutter hat zuvor vergeblich versucht, sie zum Mord an Sarastro zu überreden. Als sie ihrem Leben ein Ende machen will, entreißen ihr die drei Knaben den Dolch und führen sie zu Tamino. Beide durchschreiten, von der Flöte geschützt, Feuer und Wasser, und haben damit alle Prüfungen bestanden. Unterdessen wünscht Papageno in seiner Einsamkeit das alte Weib wieder herbei und verspricht ihr, »solange sich nichts Besseres findet«, sie zur Frau zu nehmen. Da verwandelt sie sich plötzlich in ein junges, hübsches Mädchen, aber die Zeit ist noch nicht gekommen, sie wird ihm wieder entrissen. Vor Verzweiflung will er sich das Leben nehmen, doch die drei Knaben erinnern ihn an das Glockenspiel. Sein Klang ruft Papagena herbei, und beide träumen von einer glücklichen Zukunft. Auch das andere Paar ist glücklich: Tamino und Pamina werden in die Gemeinschaft der Eingeweihten aufgenommen und verherrlichen die Ideale von Natur, Weisheit, Vernunft. Nur die Königin der Nacht nimmt ein böses Ende: Als sie versucht, mit ihrem Gefolge in den Tempel einzudringen, wird sie von den Mächten der Finsternis verschlungen.